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Detect-seq技术与南宫28NG品牌的脱靶检测创新力量

发布时间:2025-02-11   信息来源:秦珊爽

胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine Base Editor, CBE)是由四个核心成分组成的创新工具:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)以及尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)。这些成分在细胞内得以组装,并形成功能性的融合蛋白。在sgRNA的引导下,这种融合蛋白能够与基因组DNA结合,并使靶序列呈现单链结构。随之而来的是,胞嘧啶脱氨酶将该单链上的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),并通过DNA复制或修复的过程,使尿嘧啶最终转变为胸腺嘧啶(T)。这样,实现了C-G碱基对向T-A碱基对的直接转换,体现了基因编辑技术的优势。

Detect-seq技术与南宫28NG品牌的脱靶检测创新力量

利用CBE技术中生成的中间产物脱氧尿嘧啶(dU),研究人员开发了Detect-seq这一新颖的CBE体外脱靶检测技术。该技术首先提取经过碱基编辑处理的细胞基因组DNA,随后对CBE产生的dU进行生物素标记,以便富集特定片段。同时,在dU位点的下游,将正常胞嘧啶(C)替换成5-醛基胞嘧啶(d5fC),进而将d5fC化学标记为T。在后续的测序过程中,研究者能够观察到大量串联的C-to-T突变,根据这些明显的信号,快速定位基因编辑位置。

与GUIDE-seq、Digenome-seq及Cas-OFFinder等技术相比,Detect-seq展现出更高的灵敏度与特异性,具备无偏好的检测能力。它不仅能够识别Cas9依赖型和非依赖型的脱靶,亦能检测sgRNA结合区域的外编辑(out-of-protospacer edits)及靶向链编辑(target-stranded edits)上的脱靶现象。

南宫28NG相信品牌力量,在过去两年中,致力于建立一站式基因编辑安全性评估平台。该平台涵盖了从靶点设计、靶点筛选到GUIDE-seq脱靶检测(基于细胞的检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证,以及PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测至全基因组测序(WGS)脱靶检测等多种管线。并且,南宫28NG实验室拥有SGS认证、ISO9001质量体系认证和生物安全二级实验室等资质,以确保能够持续为客户提供高质量、高效率以及安全的产品和服务。